Sentralisasi perencanaan kesehatan yang berlangsung di Indonesia dalam kurun waktu yang cukup lama berdampak pada kekurang berhasilan dalam pencapaian tujuan pembangunan kesehatan yakni peningkatan status derajat kesehatan masyarakat. Kebijakan kesehatan di masa lalu khususnya dalam bidang perencanaan kesehatan didominasi oleh Pemerintah Pusat dan peranan Pemerintah Daerah dalam hal ini Dinas Kesehatan kabupaten/kota sangat terbatas. Target program bahkan penentuan prioritas program kesehatan umumnya berdasarkan proyeksi nasional. Hal ini menyebabkan ketidaksesuaian dengan situasi dan kebutuhan kesehatan lokal(kabupaten/kota).
Dengan diberlakukannya Undang-Undang tentang Pemerintahan Daerah, memberikan kewenangan cukup besar kepada kabupaten/kota termasuk dalam bidang kesehatan. Hal ini memungkinkan Pemerintah Daerah kabupaten/kota memiliki peluang cukup besar untuk mengatur sistem kesehatannya termasuk sistem perencanaan. Namun demikian, desentralisasi perencanaan kesehatan sebagai salah satu faktor esensial dalam proses desentralisasi merupakan proses yang kompleks dan membutuhkan kerjasama yang harmonis diantara penentu kebijakan, perencana,tenaga administrasi dan masyarakat. Oleh karena itu, dibutuhkan tekad yang kuat dan kesiapan yang cukup matang untuk menata dan memperkuat sistem perencanaan kesehatan pada masing-masing kabupaten/kota.
